Theo một số tài liệu lịch sử như sách của Louvet “La vie de Mgr. Puginier”, tiểu thuyết lịch sử “Bóng nước Hồ Gươm” của Chu Thiên, các tài liệu trong Văn khố
Hội Thừa sai Paris (M.E.P.) … thì khu đất này xưa kia là khu đất của Báo Thiên Tự (Chùa tháp Báo Thiên) được xây dựng từ đời
Nhà Lý. Đây là một ngôi quốc tự nổi tiếng của kinh đô của Đại Việt trong suốt các triều đại từ
Lý-
Trần. Đến thời
Lê –
Nguyễn, đây vẫn là nơi diễn ra các nghi lễ
Phật giáo cầu cho quốc thái dân an...
Các tài liệu nói về sự kiện phá hủy chùa Báo Thiên không thống nhất với nhau. Theo Bùi Thiết trong Tự điển Hà Nội địa danh, chùa Báo Thiên đến cuối
thế kỷ 18 đã bị phá hủy và nền chùa cũ trở thành đất họp chợ trước khi chuyển giao cho nhà thờ. Còn ông
Thống sứ Bắc Kỳ Raoul Bonnal, người chứng kiến việc chuyển giao khu đất, đã viết trong cuốn Au Tonkin rằng Tổng đốc Nguyễn Hữu Độ đã cố gắng lấy lòng Giám mục bằng cách lấy lý do ngôi chùa đã đổ nát và không tìm thấy hậu duệ của người thành lập ngôi chùa nên đã cho phá sập và chuyển nhượng khu đất cho nhà thờ.